در بافت شناسي گياهي، بررسي و مطالعه راجع به انواع بافتهاي گوناگون گياهي مستلزم تهيه برشهاي مناسب و ظريف از اندامهاي گياهي مي باشد. بدين منظور بهترين دستگاه در تهيه مقاطع و برشهاي ظريف گياهي¸ دستگاه ميكروتوم مي باشد. اما با توجه به گران بودن وسائل آن و نيز مراحل طولاني تهيه برش و نيز رنگ آميزي نمونهاي گياهي از  شيوهاي  ساده  آزمايشگاهي در  جهت  تهيه برشها استفاده مي كنيم. در ابتدا، اندام گياهي مورد نظر را ازمحيط تهيــه نموده و سپس در صورت  نيــاز به شستشو آنــرا  با آب  معمولي  تميـز مي نمائيم. سپس با تيغ صورت  تراشي  معمولي اقدام به تهيه برشهاي با ضخامت بسيار باريك مي كنيم.

از نكات قابل توجه آنست كه:

1 _ جهت حركت تيغ به هنگام برش بايد عمود بر اندام گياهي مورد نظر باشد.

2 _ حركت دست حالت رفت و برگشتي نداشته باشد.

3 _ حركت دست سريع باشد.

4 _ با يك دست نمونه را بر روي تخته كار ثابت نگه داشته و با دست ديگر تيغ را از روي اندام عبورمي دهيم.

5 _ برشهاي تهيه شده بايد يك لايه سلولي باشد در غير اينصورت به هنگام بررسي در زير ميكروسكوپ  توده سلولي مي بينيم كه مناسب بررسي و مطالعه  نمي باشد.

6 _  برشهاي  تهيه شده را سريعاً  به شيشه ساعتي محتوي آب مقطر انتقال  مي دهيم  چرا كه در  هواي  آزاد  سريعاً خشك مي شوند.

7 _  حداقل 10 برش گياهي آماده  مي كنيم.  براي  اينكه ممكن است برشهاي تهيه  شده يا ضخيم شوند و يا  اينكه در اثر حركت نا مناسب تيغ، بافت مورد نظر له و پاره شود.   

         بعد از تهيه برشهاي نازك و ظريف نوبت به رنگ آميزي آنها مي رسد. در رنگ آميزي شيوهاي متفاوتي وجود دارد از قبيل رنگ آميزي منفرد و رنگ آميزي مضاعف. در رنگ آميزي منفرد عموماً  از يك معرف رنگي استفاده مي گردد و در رنگ آميزي  مضاعف  از دو و يا  چند  معرف رنگي استفاده  مي گردد.  در اينجا  ابتدا  چند  معرف  رنگي  و فيكساتور  را  نام  برده  و  سپس  به  يك  شيوه  متداول آزمايشگاهي مي پردازيم.

تعدادي معرفهاي رنگي كه جهت رنگ آميزي بافتهاي گوناگون گياهي استفاده مي شود و تاثير رنگي  آنها بر بافتهاي مختلف گياهي به شرح ذيل مي باشد.

فيكساتور (F.A.A) كه از فرمالين (به ميزان 5^cc) و الكل اتيليك50%( به ميزان90^cc)و اسيد استيك(به ميزان 5^cc) تشكيل شده است جهت فيكسه كردن بافتها استفاده مي شود.